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May 22, 2023

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Band Kommunikationsbiologie

Communications Biology Band 6, Artikelnummer: 622 (2023) Diesen Artikel zitieren

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Akute myeloische Leukämie ist die häufigste akute Leukämie bei Erwachsenen. Die Barriere zwischen Refraktär- und Arzneimittelresistenz muss in der klinischen Praxis noch überwunden werden. Abnormale Genexpression und epigenetische Veränderungen spielen eine wichtige Rolle bei der Pathogenese und Behandlung. Ein Super-Enhancer ist ein epigenetischer Modifikator, der Pro-Tumor-Gene und Arzneimittelresistenz fördert, indem er die Onkogen-Transkription aktiviert. Die integrative Multi-Omics-Analyse identifiziert das Super-Enhancer-assoziierte Gen CAPG und sein hohes Expressionsniveau korrelierte mit einer schlechten Prognose bei AML. CAPG ist ein Zytoskelettprotein, hat jedoch bei AML eine unklare Funktion. Hier zeigen wir die molekulare Funktion von CAPG bei der Regulierung des NF-κB-Signalwegs durch proteomische und epigenomische Analyse. Der Abbau von Capg im AML-Mausmodell führte zu erschöpften AML-Zellen und einem verlängerten Überleben der AML-Mäuse. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass das SEs-assoziierte Gen CAPG durch NF-κB zum Fortschreiten der AML beitragen kann.

Akute myeloische Leukämie (AML) ist eine aggressive hämatologische Malignität, die hauptsächlich durch die Anhäufung genetischer Mutationen und die maligne Proliferation hämatopoetischer Stammzellen (HSCs)1,2,3,4,5 verursacht wird. Die hohen Raten an Arzneimittelresistenzen und Rezidiven sind die aktuelle Herausforderung bei klinischen Studien6. AML kann als Folge zufälliger genetischer Mutationen und epigenetischer Veränderungen auftreten und fortschreiten7,8,9,10.

Die letzten Jahre haben deutliche Fortschritte beim Verständnis der zugrunde liegenden abnormalen epigenetischen Muster mehrerer Krebsarten gezeigt. Epigenetische Anomalien aktivieren Protoonkogene11 und verursachen chromosomale Instabilität12,13, während die Transkription von Tumorsuppressorgenen stillsteht14,15. Der Nachweis epigenetischer molekularer Ereignisse während der Entwicklung und des Fortschreitens von AML könnte für die Entwicklung wirksamerer Behandlungen wertvoll sein.

Super-Enhancer (SE) ist im Wesentlichen eine Gruppe aktiver typischer Enhancer (TE)16. Im Vergleich zu TEs sind SEs größer und können die Transkription besser aktivieren. Während der Entwicklung spielen SEs eine entscheidende Rolle bei der Regulierung des Zellschicksals und der Bestimmung von Genen16. Krebszellen erwerben SEs in Onkogenregionen wie MYC, BCL2 und ihr krebsartiger Phänotyp beruht auf einer abnormalen Transkription16,17. Epigenetische Modifikationen wie DNA-Methylierung und Histonacetylierung können die abnormale Aktivierung nachgeschalteter Effektoren durch SEs regulieren18,19,20. Es wurde auch festgestellt, dass SEs die Transkription von tumorbezogenen Genen21,22, Immun-Checkpoint23 und entzündlichen Zytokinen2425,26 vermitteln. Diese legen nahe, dass SEs am Auftreten und der Entwicklung von Tumor- und Arzneimittelresistenzrezidiven beteiligt sind.

Das Capping Actin Protein, Gelsolin-like (CAPG) ist ein Aktin-bindendes Protein der Gelsolin-Superfamilie, das eine entscheidende Rolle bei der Organisation des Aktin-Zytoskeletts spielt27. Es gibt Hinweise darauf, dass Proteine, die zur Gelsolin-Superfamilie gehören, möglicherweise an anderen Prozessen beteiligt sind, einschließlich der Regulierung der Genexpression28,29. Im Gegensatz zu anderen Mitgliedern der Gelsolin-Superfamilie kommt CAPG hauptsächlich im Zellkern und nicht im Zytoplasma vor30. Frühere Studien haben gezeigt, dass CAPG ein Brustkrebs-Biomarker für die Entwicklung und Behandlung von Knochenmetastasen ist31. Das Expressionsmuster und die Funktion von CAPG bei AML müssen jedoch noch untersucht werden.

In dieser Studie haben wir ein AML-spezifisches Super-Enhancer-assoziiertes Gen CAPG identifiziert. und bestätigten, dass CAPG das Fortschreiten von AML über den NF-κB-Signalweg regulieren kann.

Durch ein umfassendes Verständnis der Pathogenese von AML, das ein neues Behandlungsziel für die AML-Therapie ergab, identifizierten wir zunächst AML-spezifische Super-Enhancer und SEs-assoziierte Gene. Super-Enhancer sind wichtig für die Kontrolle und Definition der Expression zellspezifischer Gene16. Um AML-spezifische SEs und verwandte Gene zu identifizieren, haben wir Multi-Omics-Daten integriert, um das AML-spezifische Super-Enhancer-assoziierte Gen zu charakterisieren, mit dem Ziel, neue Ziele für die AML-Therapie bereitzustellen. Wir identifizierten akute myeloische Leukämie-spezifische SEs und SEs-assoziierte Gene durch die Analyse von AML H3K27ac-Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierungsdaten (ChIP-seq). In der Zwischenzeit wurden SEs-assoziierte Gene normaler Blutzellen, einschließlich Neutrophiler (NEs), Monozyten (MOs) und hämatopoetischer Stammzell-Vorläuferzellen (HSPCs), identifiziert (ergänzende Abbildung 1). Darüber hinaus analysierten wir den öffentlich verfügbaren RNA-seq-Datensatz (GSE128910) aus einer früheren Studie, berechneten unterschiedlich exprimierte Gene zwischen Freiwilligen im Gesundheitswesen und AML-Patienten und wählten die Gene aus, die bei AML exprimiert wurden (RPKM > 1) und dreimal höher als normal waren ( Abb. 1a)32,33,34,35.

ein experimentelles Schema zur Suche nach spezifischen und stark exprimierten Super-Enhancer-assoziierten Genen in AML-Zellen. Neutrophile (NEs), Monozyten (MOs) und hämatopoetische Stammzell-Vorläuferzellen (HSPCs) repräsentieren normale Blutzellen. Der blaue Kreis stellt Super-Enhancer-assoziierte Gene in normalen hämatopoetischen Zellen dar. Der grüne Kreis stellt hochregulierte Gene bei AML-Patienten dar. Der graue Kreis stellt Super-Enhancer-assoziierte Gene in AML-Zellen dar. b Die ChIP-seq-Tracks zeigen das repräsentative H3K27ac-Signal bei gesunden Freiwilligen und AML-Patienten. Die Superverstärker werden als graue Kästchen angezeigt.

Gemäß der obigen Analyse haben wir 6 AML-spezifische SEs-assoziierte Gene (CAPG, CD207, GPR132, SLC7A11, HIPK3 und FCER1G) herausgesucht, die eine signifikant hohe Expression aufweisen (Abb. 1b). Diese Genregionen sind für SEs angereichert und in AML stark exprimiert (Abb. 2a, ergänzende Abb. 2a). Wir haben das CAPG als Gegenstand unserer Forschung ausgewählt, von dem berichtet wurde, dass es bei AML stark ausgeprägt ist.

a RNA-seq-Daten (GSE128910) zeigen, dass CAPG bei AML-Patienten stark exprimiert wird. Gesunde Freiwillige (n = 4) oder AML-Patienten (n = 7). b Die Kaplan-Meier-Überlebenskurven von CAPG in der Datenbank The Cancer Genome Atlas (TCGA)-LAML. Punktlinien stellen eine 95 %-Konfidenzgrenze dar. c Vergleichen Sie das Expressionsniveau von CAPG bei invasivem Brustkarzinom (BRCA), Nieren-Papillenzellkarzinom (KIPR), serösem Ovarialzystadenokarzinom (OV), Pankreas-Adenokarzinom (PAAD), Rektum-Adenokarzinom (READ) und testikulären Keimzelltumoren (TGCT). aus Tumor- und Normalgewebe. Zur Analyse der Signifikanz der Unterschiede wurden der Wilcoxon-Rangsummen- und der Vorzeichen-Rangtest verwendet. Der Median wird durch die Linie innerhalb der Box angezeigt. d Experimentelles Schema für MLL-AF9-induzierte AML-Mäuse erstellt. e RT-qPCR zeigt, dass die CAPG-Expression in murinen Leukämiezellen von primär transplantierten Mäusen im Vergleich zu normalen Mäuseknochenmarkzellen (n = 5 Mäuse) erhöht war. Jeder Punkt repräsentiert eine Maus. Die Daten werden als Mittelwert ± SD dargestellt. *p < 0,05 im Vergleich zur Kontrollgruppe. f Western-Blot, der zeigt, dass die CAPG-Expression in Leukämiezellen von primär transplantierten Mäusen im Vergleich zu normalen Maus-Knochenmarkszellen erhöht war. GAPDH wurde verwendet, um eine gleichmäßige Belastung anzuzeigen. Jedes Band stellt eine einzelne Maus dar.

Wir haben die Datenbank des Cancer Genome Atlas (TCGA) analysiert und festgestellt, dass das CAPG-Expressionsniveau positiv mit einer schlechten Prognose bei AML verbunden ist (Abb. 2b). Parallel dazu korrelierte auch die Expression anderer SEs-assoziierter Gene in unterschiedlichem Maße mit der Prognose (ergänzende Abbildung 3). Darüber hinaus ergab eine Untersuchung der TCGA-Datenbank, dass CAPG in einer Vielzahl von Tumorgeweben im Vergleich zu normalen Geweben statistisch signifikant stark exprimiert wurde (Abb. 2c). Dies impliziert, dass CAPG eng mit der Tumorentwicklung zusammenhängt.

Um weiter zu validieren, ob SEs-assoziierte Gene bei der Krankheit unterschiedlich exprimiert werden und die AML-Prognose beeinflussen, wurden anschließend die Expressionsniveaus in den gesammelten peripheren Blutproben von Patienten und Knochenmarkproben von Mausmodellen verglichen (Abb. 2d). Wir beobachteten, dass die CAPG-Expression in MLL-AF9-induzierten murinen AML-Zellen im Vergleich zu normalen murinen Knochenmarkszellen signifikant erhöht war (Abb. 2e, f und ergänzende Abb. 2b).

Im Allgemeinen können die Onkogene bei AML mithilfe von Super-Enhancer-assoziierten Genen genau untersucht werden, und das Super-Enhancer-assoziierte Gen CAPG steht im Zusammenhang mit dem Fortschreiten der AML.

CAPG ist als Mitglied der Gelsolin-Superfamilie von Proteinen bekannt, die die Aktinfilamentlänge durch Verschließen oder Durchtrennen von Filamenten reguliert36. Im Gegensatz zu anderen Mitgliedern dieser Familie befindet sich CAPG im zellulären Zytoplasma und Zellkern37. CAPG wurde mit einer schlechten Prognose bei Bauchspeicheldrüsen-38 und Brustkrebs31,39 in Verbindung gebracht, es wurden jedoch keine Untersuchungen zu AML durchgeführt. Bei AML gibt es einen Trend zur Hochregulierung der Aktin-Expression (ergänzende Abbildung 2c). Um zu untersuchen, wie CAPG zum Fortschreiten der AML beiträgt, haben wir CAPG-Proteinkomplexe in der menschlichen AML-Zelllinie THP-1 gereinigt und charakterisiert, um CAPG-Interaktome durch Immunpräzipitation mit Massenspektrometrie (IP-MS) zu konstruieren (Abb. 3a und ergänzende Daten 3).

ein Schema, das das Antikörper-abhängige IP-MS-System zur Identifizierung von CAPG-Interaktomen in THP-1-Zellen zeigt. b Verbindung von CAPG mit mehreren Proteinkomplexen. Zusammenfassung der wichtigsten Proteinkomplexe (gestrichelter Kreis), die mit dem CAPG-Interaktom assoziiert sind. Die Größe des Kreises stellt die Zuverlässigkeit der Protein-Protein-Wechselwirkung dar, und die Dicke der Verbindungslinie stellt die Wechselwirkungsintensität dar. c Co-IP zeigt die Wechselwirkungen zwischen CAPG und NF-κB-verwandten Proteinen (RPL4, ZFP91, CCAR2).

Wir haben 79 CAPG-interagierende Proteine ​​in THP-1 (Ergänzungsmaterial) identifiziert. Darüber hinaus wurden Anreicherungsanalysen mittels Genontologie und Schlussfolgerungen mit graphbasierter Visualisierung von Interaktomen für die Bestimmung zellulärer biologischer Funktionen eingesetzt. Für die Auswahl der funktionellen Annotationscluster wurde die Genontologie genutzt. Die Funktionsanalyse ergab, dass CAPG-Proteinpartner aus Gesamtproteinextrakten als Aktin-bindendes Protein eng mit der Bindung von Kernsäure und Aktinfilamenten verbunden sind und auch an zellulären molekularen Aktivitäten beteiligt sind. GO-Kategorien waren an Prozessen im Zusammenhang mit dem Zellstoffwechsel, der Lokalisierung und der Stabilität von Biomolekülen beteiligt. Es ist auch am RNA-Spleißen beteiligt und kann die Genexpression beeinflussen. Es ist an der epigenetischen Kontrolle im Zusammenhang mit der Chromatin-Remodellierung und der Histonmodifikation beteiligt. Laut Zellkomponentenanalyse wurde CAPG im Ribosom, im Kern und im Nukleoplasma, insbesondere im Aktin-Zytoskelett, gefunden. CAPG ist auch mit dem epigenetischen Modifikationskomplex verbunden. Das Ergebnis zeigte, dass CAPG als Gelsolin-Protein nicht nur das Zytoskelett darstellt, sondern auch eine entscheidende Funktion bei Zellwachstumsprozessen spielt (ergänzende Abbildung 4a).

Um die mögliche funktionelle Rolle von CAPG weiter zu interpretieren, wurden die Ergebnisse des Interaktoms einer Netzwerkanalyse der Protein-Protein-Interaktionen (PPI) unterzogen (Abb. 3b). Insbesondere beobachteten wir, dass CAPG physikalisch mit mehreren Proteinkomplexen des Zytoskeletts interagiert, darunter Myosinkomplex, Troponinkomplex, Tubulinkomplex und Aktinkomplex. Dieses Ergebnis steht im Einklang mit der Funktion von CAPG als Gelsolinprotein.

Darüber hinaus ergab die Analyse der Eigenschaften des Interaktoms, dass CAPG mit mehreren epigenetischen Regulierungskomplexen assoziiert ist, über die bisher nicht berichtet wurde. Bemerkenswert ist, dass drei interagierende Proteine ​​(CCAR2, RPL4, ZFP91) als Aktivatoren des Kernfaktor-κB (NF-κB)-Signalwegs 40, 41, 42 gemeldet wurden (Abb. 3c). Darüber hinaus wurde der SNW1-Komplex als neuartiger Transkriptionsregulator des NF-κB-Signalwegs identifiziert (ergänzende Abbildung 4b). Untersuchungen zeigen, dass ein Ungleichgewicht der NF-κB-Aktivität entzündungsbedingte Krankheiten wie Krebs verursacht, sodass NF-κB als potenzielles Ziel für die Krebstherapie gilt44. Die Aktivierung der NF-κB-Signalwege trägt zur leukämischen Transformation bei, die durch einige entscheidende onkogene Kinasen initiiert wird45. Wir haben festgestellt, dass das charakterisierte CAPG mit dem NF-κB-Signalwegkomplex in AML-Zellen interagiert, und stellten daher die Hypothese auf, dass CAPG das Potenzial hat, als Ziel zur Regulierung des Krankheitsprozesses von AML zu dienen.

Um den Zusammenhang zwischen CAPG und NF-κB während der AML-Entwicklung aufzuklären, haben wir Knochenmarkszellen von normalen und AML-Mäusen gesammelt. Wir führten CAPG ChIP-seq-Assays durch, um das Genregulationsnetzwerk zu identifizieren, und werteten die Daten aus, um AML-spezifische Peaks auszuwählen, die mit Genregionen angereichert sind (Abb. 4a).

ein Venn-Diagramm der CAPG-Bindungsorte in normalen Knochenmarkszellen und AML-Knochenmarkszellen. b Genontologische Termanreicherungsanalyse von CAPG-regulierten Genen nur in AML-Zellen, P < 0,05 für jedes in der Abbildung angezeigte Ergebnis. c mRNA-Spiegel von CAPG in der Kontrollgruppe, der Knockdown-Gruppe und der mit 10 ng/ml TNF-α stimulierten Gruppe wurden verglichen. Die Daten werden als Mittelwert ± SD dargestellt. ***p < 0,001. Die Ergebnisse stammen aus drei biologischen Replikaten. d Die Zugabe von TNF-α kehrte die durch CAPG-Knockdown in THP-1-Zellen induzierte Hemmung der NF-κB-Signalwegaktivität um. Die Daten werden als Mittelwert ± SD dargestellt. **p < 0,01, ***p < 0,001. Die Ergebnisse stammen von drei biologischen Replikaten. e Die KEGG-Analyse ergab, dass CAPG-Downstream-Gene hauptsächlich im NF-κB-Signalweg angereichert waren, P < 0,05 für jedes in der Abbildung dargestellte Ergebnis. f mRNA-Spiegel der Leukämogenese in der Kontrollgruppe, CAPG-Knockdown-Gruppe. Die Daten werden als Mittelwert ± SD dargestellt. **p < 0,01, ***p < 0,001.

Die GO-Analyse zeigte, dass CAPG-regulierte Gene im Hinblick auf die zelluläre Komponente und die molekulare Funktion im Wesentlichen mit dem NF-κB-Signalweg zusammenhängen (Abb. 4b). Wir untersuchten auch Transkriptionsfaktorziele und nachgeschaltete Gene und identifizierten CAPG als potenzielles Gen, das an der Regulierung der Transkriptionsaktivität des NF-κB-Signalwegs beteiligt ist (ergänzende Abbildung 5a, b). All diese Beweise deuten darauf hin, dass CAPG mit der Aktivierung des NF-κB-Signalwegs zusammenhängt.

Um unsere Schlussfolgerung weiter zu untermauern, untersuchten wir die Anreicherung von CAPG im Genom von THP-1-Zellen. Die ChIP-qPCR-Analyse zeigte, dass CAPG in der Transkriptionsfaktorregion von NF-κB in THP-1-Zellen signifikant angereichert war (ergänzende Abbildung 5c).

Zusätzlich haben wir die CAPG-Expression in THP-1-Zellen herunterreguliert (Abb. 4c und ergänzende Abb. 5d)) und die Expressionsniveaus nachgeschalteter Gene von NF-κB bewertet (Abb. 4d). Bemerkenswert ist, dass der CAPG-Knockdown zu einer deutlichen Verringerung der Expression mehrerer Apoptose- und Immunantwortgene führte, die mit dem Fortschreiten der AML in Verbindung gebracht wurden (Abb. 4d)46,47. Wir sammelten auch RNA-seq-Daten nach dem Abbau von CAPG und führten eine KEGG-Analyse durch, die ergab, dass die herunterregulierten Gene im NF-κB-Signalweg signifikant angereichert waren (Abb. 4e und ergänzende Daten 4).

Um die direkte Regulierung des NF-κB-Signalwegs durch CAPG zu demonstrieren, aktivierten wir den Signalweg durch Stimulierung von THP-1-Zellen mit TNF-α und beobachteten eine signifikante Wiederherstellung der Expression nachgeschalteter Gene (Abb. 4d). Wenn CAPG erschöpft ist, wird außerdem das Expressionsniveau der Leukämogenese erheblich verringert (Abb. 4f). Diese Beobachtungen deuten darauf hin, dass CAPG den NF-κB-Signalweg direkt modulieren kann, was wiederum das Fortschreiten der AML beeinflusst.

Um festzustellen, ob CAPG mit dem Fortschreiten der AML zusammenhängt, haben wir CAPG-Knockdown-Experimente durchgeführt, um seine Funktion zu überprüfen. Der Abbau von CAPG kann das Wachstum von AML-Zellen hemmen (ergänzende Abbildung 6a). Um die potenzielle tumorfördernde Rolle von CAPG bei AML weiter zu untersuchen, wurden gleiche Mengen muriner AML-Kontrollzellen (Ctrl) oder Capg-Knockdown-Zellen (shCapg) in syngene Wildtyp-Empfänger (WT) transplantiert (Abb. 5a).

ein experimentelles Schema für den Capg-Knockdown in vivo. b Western-Blot-Analyse, die den Capg-Knockdown in sortierten AML-Zellen aus dem Knochenmark von AML-Mäusen zeigt. c RT-qPCR-Analyse, die den Capg-Knockdown in sortierten AML-Zellen aus dem Knochenmark von Scramble-Control- (Strg) und Capg-Knockdown- (shCapg) AML-Mäusen am Tag 45 nach der Transplantation zeigt. Die Daten werden als Mittelwert ± SD dargestellt. **p < 0,01 im Vergleich zur Kontrollgruppe. Die Ergebnisse stammen aus drei biologischen Replikaten. d Repräsentative zytometrische Flussdiagramme, der Prozentsatz von GFP + AML-Zellen im Knochenmark (BM) am Tag 45 nach der Transplantation (n = 5 Mäuse). Jeder Punkt repräsentiert eine Maus. ***p < 0,001 im Vergleich zur Kontrollgruppe. e Repräsentative zytometrische Flussdiagramme und statistische Ergebnisse zeigen, dass der Abbau von Capg die Leukämiebelastung im peripheren Blut (PB) am Tag 28 und am Tag 45 nach der Transplantation verringert (n = 5 Mäuse). Jeder Punkt repräsentiert eine Maus. *p < 0,05, ***p < 0,001 im Vergleich zur Kontrollgruppe. f Repräsentatives Bild der Milz (oben links), der Leber (unten links) und quantitative Analyse des Milzgewichts (Mitte) und des Lebergewichts (rechts) von Scramble-Kontroll- und Capg-Knockdown-AML-Mäusen (n = 5 Mäuse). Jeder Punkt repräsentiert eine Maus. **p < 0,01, ***p < 0,001 im Vergleich zur Kontrollgruppe. g Wright-Giemsa-Färbung eines Blutausstrichs von Kontroll- und Capg-Knockdown-AML-Mäusen. Maßstabsbalken 20 µm. h Überlebensanalyse von Mäusen, denen Scramble-Kontroll- oder Capg-Knockdown-AML-Zellen transplantiert wurden. Die gezeigten Daten stammen aus zwei unabhängigen Transplantationen (n = 5 Mäusen). p = 0,0018, Log-Rank-Test.

Um die Auswirkungen der Capg-Reduktion zu bewerten, sortierten wir zunächst grün fluoreszierendes Protein (GFP) + Leukämiezellen von Vector- und shCapg-AML-Mäusen und wiesen nach, dass die Expressionsniveaus der shCapg-Gruppe durch RT-qPCR und Western Blot reduziert wurden (Abb. 5b, c ).

Wir fanden heraus, dass ein Capg-Mangel die AML-Zellen im peripheren Blut (PB) deutlich erschöpfte (Abb. 5e) und die Krankheitslast im Knochenmark verringerte (Abb. 5d).

Darüber hinaus waren Milz und Leber von AML-Mäusen deutlich vergrößert, wohingegen Capg-Knockdown diese Symptome deutlich linderte (Abb. 5f). Die histologische Analyse zeigte übereinstimmend, dass AML-Mäuse in der shCapg-Gruppe eine geringere Infiltration von Leukämiezellen im peripheren Blut aufwiesen (Abb. 5g). Wichtig ist, dass der Capg-Knockdown das Überleben von AML-Mäusen signifikant verlängerte. Das mittlere Gesamtüberleben (MOS) betrug in der shCapg-Gruppe 83 Tage im Vergleich zu 51 Tagen in der Kontrollgruppe (Abb. 5h). Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass der Abbau von Capg das Fortschreiten der MLL-AF9-induzierten AML bei Mäusen unterdrückt, was unsere Hypothese stützt, dass Capg bei AML onkogen ist.

Fassen wir das Muster weiter zusammen: CAPG wirkt über Proteininteraktome auf den NF-κB-Signalweg, um die Expression nachgeschalteter Gene zu aktivieren. Es kann das Fortschreiten der AML beschleunigen, indem es direkt an Regionen der Transkriptionsfaktoren der NF-κB-Familie bindet und die Regulierung der nachgeschalteten Genexpression aktiviert.

Zusammengenommen zeigen die Daten, dass CAPG eine wichtige Rolle beim Fortschreiten der AML spielt, indem es den NF-κB-Signalweg reguliert. Unsere Studie identifizierte ein Super-Enhancer-assoziiertes Gen CAPG als Onkogen bei AML, was ein neues Behandlungsziel für die AML-Therapie darstellte.

Epigenetische Modifikationen spielen oft eine Schlüsselrolle bei der Entstehung und Entwicklung verschiedener Tumoren, und Super-Enhancer (SEs) sind ein epigenetisches Element, das die zelltypspezifische Genexpression regulieren und eine entscheidende Rolle bei Entscheidungen über das Zellschicksal, einschließlich der Transkription, spielen kann von Tumorzell-Immun-Checkpoint-Molekülen23, Immun-Escape25,26 und der Expression von entzündlichen Zytokinen24. Die RNA-Seq-Analyse auf Transkriptomebene kann eine große Anzahl unterschiedlich exprimierter Gene erzeugen, was es schwierig macht, Gene zu identifizieren, die das Fortschreiten der Krankheit erheblich beeinflussen. Im Gegensatz dazu sind Super-Enhancer stark zelltypspezifisch und verfügen über starke regulatorische Funktionen für die Genexpression, die die Expression von Genen steuern und definieren können16. Durch die Integration von Super-Enhancer-Daten mit transkriptomischen Daten können wir den Zielbereich eingrenzen und die Genauigkeit verbessern. Es muss noch überprüft und erforscht werden, ob durch die Kombination zelltypspezifischer SEs und Transkriptomik ein genaueres und effizienteres Screening von Pro-Tumor-Genen erreicht werden kann.

In dieser Studie identifizierten wir SE-assoziierte Gene durch die Integration zellspezifischer SEs mit RNA-seq-Daten und fanden sechs Gene (CAPG, CD207, GPR132, SLC7A11, HIPK3 und FCER1G), die mit einer schlechten Prognose bei akuter myeloischer Leukämie (AML) korrelieren ) Patienten gemäß der TCGA-LAML-Datenbank. CD207 ist ein glykosylierter Rezeptor, der als spezifischer Rezeptor von Langerhans-Zellen fungiert und Antigene für die Präsentation an T-Zellen verarbeitet48. GPR132 ist ein Leukämie-Orphan-Rezeptor, der das Potenzial hat, die myeloische Differenzierung auszulösen49. Bei Patienten mit akuter myeloischer Leukämie ist eine hohe Expression von SLC7A11 mit einer schlechten Prognose verbunden50,51. HIPK3 ist am Apoptoseprozess beteiligt und wird mit einer schlechten Prognose bei verschiedenen Krebsarten in Verbindung gebracht52. FCER1G ist als Bestandteil des hochaffinen Immunglobulin E (IgE)-Rezeptors mit der Immunantwort bei verschiedenen Krebsarten verbunden53,54. Es wurde berichtet, dass CAPG eng mit Protein-Tyrosinkinasen bei AML assoziiert ist, mit Arzneimittelresistenzen bei ALL55,56 verbunden ist und mit einer schlechten Prognose bei Bauchspeicheldrüsen-38 und Brustkrebs31,39 verbunden ist. Es wurde berichtet, dass CAPG eng mit Protein-Tyrosinkinasen bei AML assoziiert ist und mit Arzneimittelresistenz bei ALL55,56 zusammenhängt. Als nächstes haben wir die Funktion von Capg bei AML in einem Mausmodell überprüft und festgestellt, dass eine verringerte Capg-Expression das Fortschreiten der AML-Erkrankung behindern kann. Zusammengenommen deuten diese Daten darauf hin, dass das Super-Enhancer-assoziierte Gen CAPG ein potenzielles therapeutisches Ziel für AML ist und dass die Zuverlässigkeit des auf Super-Enhancer basierenden integrierten Analyseansatzes auch ein vielversprechendes Instrument zur Vorhersage von Biomarkern für Krankheiten ist.

Super-Enhancer spielen eine wichtige Rolle bei der Tumorentstehung und dem Fortschreiten des Tumors. In dieser Studie haben wir das verwandte Gen CAPG über den Super-Enhancer gefunden und seine Rolle bei AML bestätigt. Der grundlegende biologische Mechanismus ist die Förderung von AML durch die Aktivierung der nachgeschalteten Leukämogenese-Expression durch das epigenetische Element SE, ein klassisches Ereignis des Zellschicksalsübergangs durch dynamische epigenetische Veränderungen. Unsere Studie zeigt auf genomischer Ebene, dass der Abbau von CAPG das Fortschreiten der AML-Erkrankung behindert. Die Gen-Editing-Technologie ermöglicht präzise molekulare Veränderungen auf Genomebene zur Behandlung vieler Krankheiten57. In den letzten Jahren war die Anwendung der CRISPR-Technologie zur epigenetischen molekularen Modifikation fruchtbar58. Die Verwendung von CRISPR-dCas9 in Kombination mit Histondeacetylase zur Löschung von Histonmodifikationen und zur Verringerung der SE-Aktivität könnte die SE-bezogene Genexpression einschränken und das Fortschreiten der Krankheit behindern59. Wir spekulieren, dass auf epigenetischer Ebene die Expression des Protoonkogens CAPG durch die inhibitorische Aktivität von SE reduziert wird, was das Fortschreiten der AML begrenzt.

Genomische Instabilität und epigenetische Anomalien können das Auftreten von Krankheiten direkt begünstigen. Es wurde berichtet, dass epigenetische Veränderungen, einschließlich DNA-Methylierung, Histonmodifikation und Zugänglichkeit von Chromatin, eine wichtige Rolle bei der Regulierung der Genexpression spielen. Nach dem „genetischen Zentraldogma“ der Molekularbiologie erfolgt die Übertragung genetischer Informationen über DNA-RNA-Protein. Als letztes Glied dieses Prozesses fungieren Proteine ​​als Hauptträger der lebenswichtigen Bewegung, indem sie makromolekulare Komplexe bilden. Es gibt immer mehr Hinweise darauf, dass Protein-Protein-Interaktionen (PPIs) eine große Bandbreite an zellulären Prozessen steuern.

Es wurde berichtet, dass CAPG ein Aktin-bindendes Protein der Gelsolin-Superfamilie ist, das mit der Organisation des Zytoskeletts assoziiert ist. Eine erhöhte CAPG-Expression wurde bei mehreren metastasierten Krebsarten festgestellt, was auf ihre Rolle bei der Invasion und Metastasierung von Krebszellen schließen lässt60,61,62. Daher haben wir die CAPG-Interaktome durch Immunpräzipitation mit Massenspektrometrie (IP-MS) identifiziert. Wir haben im CAPG-Interaktom Komponenten regulatorischer Proteinkomplexe wie den Chromatin-Remodelling-Protein-NSL-Komplex, den SNW1-Komplex, den MLL1-WDR5-Komplex und das Modifikationsenzymprotein, an dem der WMM-Komplex beteiligt ist, entdeckt. Mehrere unabhängige Studien haben einen physikalischen Zusammenhang zwischen der Krebsaggressivität und diesen epigenetischen Regulierungskomplexen festgestellt. Es ist gut erwiesen, dass der NSL-Komplex mit der Aggressivität des Krebses63 und einer schlechten Überlebensrate64,65 korreliert. Darüber hinaus gilt die Störung der MLL1-WDR5-Interaktion als therapeutischer Ansatz bei Leukämie66. Dies weist auf die Bedeutung dieser epigenetischen Regulierungswege und Faktoren für das Fortschreiten der AML hin. Als nächstes analysierten wir die molekulare Funktion der Interaktionspartner und stellten fest, dass drei von ihnen (CCAR2, RPL4, ZFP91) als Aktivatoren des NF-κB-Signalwegs gemeldet wurden. CCAR2, bekannt als DBC1, kann Anoikis über den NF-κB-Weg 40,67 regulieren. CCAR2 stimuliert die Phosphorylierung von nuklearem relA (RelA), steigert die Transkriptionsaktivität von NF-κB und reguliert Zielgene hoch, die mit Anoikis-Resistenz assoziiert sind40,67. Unterdessen induzieren RPL4 und ZFP91 als Aktivatoren des NF-κB-Signalwegs die Proliferation und fördern den Krebsprozess41,68,69. ZFP91 fördert die Proliferation und Karzinogenese von Krebszellen, indem es das transkriptionelle koregulatorische Protein HIF-1 über NF-κB68 aktiviert. RPL4 ist an einem ribosomalen Proteinkomplex beteiligt, der NF-κB über CD4041 aktiviert. SWNI ist ebenfalls mit dem NF-κB-Signalweg im CAPG-Interaktom verbunden. Seine Beteiligung beinhaltet die Bindung an NF-κB, um die Transkriptionsverlängerung von Zielgenen zu erleichtern43. Die obigen Ergebnisse deuten darauf hin, dass CAPG an der Regulierung von NF-κB-Signaltransduktionen beteiligt ist, über die bisher nicht berichtet wurde.

Darüber hinaus haben wir CAPG ChIP-seq-Daten verwendet, um die oben genannten Ergebnisse zu bestätigen. Zusätzlich zu den bekannten Rollen bei der molekularen Bindung und der Struktur des Zytoskeletts zeigten GO- und Motivanalysen, dass CAPG-regulierte Gene stark mit dem NF-κB-Signalweg verknüpft sind. Durch den CAPG-Knockdown wurde die Expression der NF-κB-Downstream-Gene deutlich reduziert. All dies stützt die oben gemachte Behauptung, dass CAPG an der Regulierung des NF-κB-Signalwegs beteiligt ist. Dies weist darauf hin, dass die Identifizierung von Proteininteraktomen eine Grundlage für die Untersuchung von Proteinfunktionen bieten kann und eine wichtige Möglichkeit und einen zukünftigen Trend zur Untersuchung der potenziellen Funktionen kodierender Gene darstellt.

Insgesamt entspricht die Expression des Super-Enhancer-assoziierten Gens CAPG dem Fortschreiten der AML und ist mit der Aktivierung des NF-κB-Signalwegs verbunden. Wir postulierten außerdem, dass CAPG ein brauchbares therapeutisches Ziel für AML sein könnte und dass die Zuverlässigkeit des umfassenden Analysealgorithmus auf Super-Enhancer beruht, einem potenziellen Instrument zur Vorhersage von Biomarkern für Pathologien.

Die Zellen der menschlichen monozytischen Zelllinie THP-1 wurden von Solarbio (China) gekauft, in RPMI-Medium (Corning, 10-040-CV), ergänzt mit 10 % FBS und 1 % Penicillin und Streptomycin, kultiviert und regelmäßig negativ auf Mykoplasmenkontamination getestet PCR. Die Zellen wurden mit TNF-α (10 ng/ml) stimuliert, um das Experiment zum NF-κB-Signalweg zu reaktivieren.

Um typische Enhancer zu identifizieren, haben wir zunächst die öffentliche H3K27ac-ChIP-seq-Datenbank (NE SRR1915572, MO SRR787551, HSPC SRR2094192, AML1# SRR3503794, AML2# SRR3503797, AML2# SRR3503801) zusammengefügt, deren Spitzen 500 bp entfernt liegen, sie jedoch erneut aufgeteilt, wenn die Die Lückenabdeckung liegt über 0,4. Dann wurde der zusammengefügte Roh-Enhancer zusammen mit ausgerichtetem H3K27ac und Eingabelesevorgängen verwendet, um den ROSE-Algorithmus auszuführen. Kurz gesagt: Konstituierende Enhancer wurden zusammengefügt, wenn sie sich innerhalb einer bestimmten Entfernung befanden, und nach ihrem von der Eingabe subtrahierten Signal von H3K27ac geordnet. Und dann trennten wir Super-Enhancer von typischen Enhancern, indem wir einen Wendepunkt des H3K27ac-Signals identifizierten; Die Steigung betrug hier 1. Schließlich haben wir die Gene von Rose GeneMapper als SE-assoziierte Gene klassifiziert, um die Gene innerhalb des 50-kb-Bereichs der Super-Enhancer zu annotieren.

AML-Daten wurden verwendet, um eine Validierung mit der Datenbank (http://gibk21.bse.kyutech.ac.jp/PrognoScan/index.html)70 und der Gene Expression Profiling Interactive Analysis (GEPIA)-Datenbank (http://gepia.cancer) durchzuführen -pku.cn)71. Das Gesamtüberleben (OS) wurde mithilfe des Log-Rank-Tests geschätzt und ein p-Wert < 0,05 galt als statistisch signifikante Daten.

Die Gesamt-RNA wurde aus sortierten GFP+-Zellen mit TRIzol-Reagenz (15596026, Invitrogen) extrahiert und cDNA wurde mit PrimeScript™ RT Master Mix (RR036A, Takara) synthetisiert. Echtzeit-qPCR wurde mit SYBR® Premix Ex Taq™ II (RR820A, Takara) auf dem Applied Biosystems™ 7500 (Thermo Scientific) System durchgeführt. Die angezeigten Daten stellen den Fold Change (FC) der Versuchsgruppe gegenüber der Kontrollgruppe dar. Kurz gesagt, ΔCt wurde wie folgt berechnet: ΔCt = Ct (Testgen) – Ct (Ref.-Gen). ΔΔCt wurde berechnet als ΔΔCt = ΔCt (Versuchsgruppe) – ΔCt (Kontrollgruppe). Der FC eines Testgens in der Versuchsgruppe im Vergleich zur Kontrollgruppe wurde als FC = 2(−ΔΔCt) berechnet. Jedes Gen wurde in jedem unabhängigen Experiment dreifach getestet, und alle Experimente wurden dreifach wiederholt.

Die 293 T-Zellen wurden mit den retroviralen Plasmiden MSCVMLL-AF9-IRES-GFP transfiziert, die MLL-AF9- und GFP-cDNA-Sequenzen enthielten. Knochenmarkszellen von C57-Mäusen, die 5 Tage lang mit 5-Fluorouracil (5-FU) behandelt wurden, wurden zweimal im Abstand von 24 Stunden mit Retrovirus infiziert. Die mit 400 K infizierten Zellen wurden mit 100 K-Schutzzellen gemischt, um sie intravenös in WT-Empfängermäuse zu injizieren, die mit einer tödlichen Dosis von 9 Gy bestrahlt wurden. Die Anzahl der pro Versuch verwendeten Tiere ist in den Legenden der Abbildungen angegeben. Capg-Knockdown und Kontroll-Lentivirus wurden durch HEK293T hergestellt, das mit pLKO.1-puro zusammen mit den Verpackungsvektoren psPAX2 und pMD2.G transfiziert wurde. MLL-AF9-GFP+-Knochenmarkszellen wurden 35 Tage nach der Transplantation von AML-Mäusen geerntet. Diese Zellen wurden mit Capg-Knockdown- oder Kontroll-Lentivirus infiziert und 72 Stunden lang mit 1 mg/ml Puromycin weiter selektiert. Die mit Puromycin gescreenten 200 K GFP+-Zellen wurden mit 100 K-Schutzzellen gemischt, um sie intravenös in CD45.2+-Empfängermäuse zu injizieren, die mit einer subletalen Dosis von 4,5 Gy bestrahlt wurden.

Um CAPG-Partner in menschlichen AML-Zellen zu identifizieren, haben wir CAPG-Proteinkomplexe aus der Kernextraktion in THP-1 durch den CAPG-Antikörper (ab181092, abcam) extrahiert. Die THP-1-Zellen wurden zur Herstellung des Gesamtproteins auf 10 Schalen mit einem Durchmesser von 150 mm ausgedehnt. Das Protein wurde mit 0,5 ml Protein A + G-Agarosekügelchen (P2055, Beyotime) in 16 ml IP-DNP-Puffer (20 mM HEPES, pH 7,9, 20 % Glycerin, 100 mM KCl, 1,5 mM MgCl2, 0,2 mM EDTA) vorgeklärt. 0,02 % NP-40, 0,5 mM DTT, 0,2 mM PMSF, 0,1 % Protease-Inhibitor-Cocktail) über Nacht bei 4 °C. Gleichzeitig wurden 25 μg CAPG-Antikörper oder IgG(12-370, Millipore) mit Protein-G-Agarose-Kügelchen durch Inkubation in IP-DNP-Puffer über Nacht bei 4 °C konjugiert. Die vorgereinigten Kernextrakte wurden mit den Antikörper-konjugierten Perlen kombiniert und 5 Stunden lang bei 4 °C rotiert. Nach fünf Wäschen in Puffer D (20 mM HEPES pH = 7,6, 0,2 mM EDTA, 1,5 mM MgCl2, 100 mM KCl, 20 % Glycerin), ergänzt mit 0,02 % NP-40, wurde das gebundene Material durch 5-minütiges Kochen in 2xSDS eluiert Ladepuffer. Die Lösung in die Konzentrationssäulen geben und 30 min bei 20 °C mit 14.000 × g zentrifugieren. Zentrifugieren, bis die Lösung etwa 40 μl beträgt. Anschließend wurden die Proben auf Omni-PAGE™Hepes-Tris-Gelen (LK206, Epizyme) fraktioniert und mit InstantBlue Protein Stain (AQ211, Analysis Quiz) gefärbt. Die Produkte aus einer einzigen Reinigung wurden einer LC-MS/MS-Sequenzierung der gesamten Spur und einer Datenanalyse unterzogen. Für jeden Antikörper wurden zwei biologische Replikate durchgeführt.

Die rohen MS-Dateien wurden analysiert und anhand der Proteindatenbank basierend auf den Probenarten mit MaxQuant (1.6.2.10)72 durchsucht.

Entsprechend der Intensität jedes Proteins in der Probe, mit dem Kontroll-IgG als Nenner und der CAPG-Versuchsgruppe als Zähler, wurde der Fold-Change-Wert berechnet. Wir wählen Proteine ​​mit FC > 2 als Interaktom von CAPG aus.

Der Zugriff auf die Proteininteraktion und die komplexen Daten erfolgte direkt über:

STRING Version11.5 (https://cn.string-db.org/)73,

CORUM Version3.0 (https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/#)74,

UniProt (https://www.uniprot.org/)75.

Das endgültig bestätigte PPI-Netzwerk wurde von der STRING-Datenbank bewertet und die erkannten Personen wurden mit der Software Cytoscape Version 3.9.1 interagiert.

1 % Formaldehyd in PBS wurde verwendet, um die Zellen 10 Minuten lang zu vernetzen, gefolgt von einem Abschrecken mit 125 mM Glycin auf Eis. Die Zellen wurden gesammelt und in flüssigem Stickstoff schockgefroren und dann zur Verwendung bei –80 ° C gelagert. Gefrorene vernetzte Zellen wurden auf Eis aufgetaut und dann in Lysepuffer I (50 mM HEPES-KOH, pH 7,5, 140 mM NaCl, 1 mM EDTA, 10 % Glycerin, 0,5 % NP-40, 0,25 % Triton X-100, Protease) resuspendiert Inhibitoren). Nach 10-minütiger Rotation bei 4 °C wurden die Zellen gesammelt und in Lysepuffer II (10 mM Tris-HCl, pH 8,0, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 0,5 mM EGTA, Proteaseinhibitoren) resuspendiert. Nach 10-minütiger Rotation bei 4 °C wurden die Zellen gesammelt und in Ultraschallpuffer (20 mM Tris-HCl pH 8,0, 150 mM NaCl, 2 mM EDTA pH 8,0, 0,1 % SDS und 1 % Triton X-100) resuspendiert , Proteaseinhibitoren) zur Ultraschallbehandlung. Beschallte Lysate wurden einmal durch 10-minütige Zentrifugation bei 16.000 × g und 4 ° C geklärt. Eingabematerial war vorbehalten. Der Rest wurde mit Magnetkügelchen, die mit CAPG-Antikörper (ab181092, abcam) gebunden waren, über Nacht bei 4 °C zur Anreicherung von DNA-Fragmenten inkubiert. Die Perlen wurden mit Waschpuffer (50 mM HEPES-KOH pH 7,5, 500 mM LiCl, 1 mM EDTA pH 8,0, 0,7 % Na-Desoxycholat, 1 % NP-40) und TE-Puffer (10 mM Tris-HCl pH 8,0, 1) gewaschen mM EDTA, 50 mM NaCl) in der Reihenfolge. Die Perlen wurden durch 30-minütige Inkubation bei 65 °C in Elutionspuffer (50 mM Tris-HCl pH 8,0, 10 mM EDTA, 1 % SDS) entfernt. Die Vernetzungen wurden über Nacht bei 65 °C umgekehrt. Um eluierte DNA zu reinigen, wurden 200 ml TE zugegeben und dann wurde die RNA durch 2-stündige Inkubation in 8 μl 10 mg/ml RNase A bei 37 °C abgebaut. Das Protein wurde durch Zugabe von 4 μl 20 mg/ml Proteinase K und 2-stündiger Inkubation bei 55 °C abgebaut. Es wurde eine Phenol:Chloroform:Isoamylalkohol-Extraktion durchgeführt, gefolgt von einer Ethanolfällung. Anschließend wurde die DNA in 50 ml TE resuspendiert. Die Bibliotheksvorbereitung wurde mit einem DNA Library Prep Kit (Vazyme, #TD501) durchgeführt, die Bibliotheken wurden sieben Zyklen lang amplifiziert und mit Beckman AMPure XP-Perlen größenselektiert.

Zur Leseausrichtung und Expressionsquantifizierung haben wir zunächst Lesevorgänge mit geringer Qualität entfernt und die Adaptersequenz mit Trim Galore gekürzt. Dann haben wir die verbleibenden Pair-End-Reads mithilfe von STAR mit ENCODE-Optionspaketen dem Referenzgenom zugeordnet. Mithilfe von HTSeq-count haben wir die eindeutig zugeordneten Lesevorgänge gezählt, die Leseanzahl durch den getrimmten Mittelwert von M-Werten (TMM) normalisiert und von EdgeR in Lesevorgänge pro Kilobases pro Million Lesevorgänge (RPKM) umgewandelt. Mit einem Expressions-Cutoff von RPKM R 1 in mindestens einer Probengruppe entfernten wir Gene mit geringer Häufigkeit und detektierten die unterschiedlich exprimierten Gene mithilfe von EdgeR. Gene wurden als differenziell exprimiert angesehen, wenn die Gesamtrate falscher Entdeckungen (FDR) < 0,01 und die Fold Change über 2,0 liegt.

Fastq-Dateien wurden von TrimGalore (Version 0.6.4, https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore) auf Adapter zugeschnitten und mithilfe von Bowtie2 (Version 2.2.5, http://bowtie-bio.sourceforge.net) auf das mm9-Referenzgenom ausgerichtet /bowtie2/) mit Standardparametern. Lesevorgänge mit einem Kartenwert <30 und PCR-Duplikationen wurden mithilfe von Samtools76 (Version 1.9, http://samtools.sourceforge.net) herausgefiltert. Lesevorgänge, die auf die Regionen in der ENCODE-Blacklist (http://mitra.stanford.edu/kundaje/akundaje/release/ blacklists/) ausgerichtet sind, wurden durch bedtools77 (Version 2.29.1, https://bedtools.readthedocs.io/en/) verworfen. neueste/). Peaks wurden mit macs278 (Version 2.1.2, Parameter: '-g mm -q 0,05 -m 5 50') aufgerufen, wobei die Eingabe als Kontrolle verwendet wurde. DiffBind (Version 2.10.0) wurde zur Analyse unterschiedlicher Bindungsstellen verwendet.

Nehmen Sie 20–30 l peripheres Blut durch die Schwanzvene der Maus und geben Sie es in das Antikoagulationsröhrchen. Nehmen Sie die Knochenmarkszellen aus dem Oberschenkelknochen und dem Schienbein der geopferten Mäuse. Die roten Blutkörperchen wurden lysiert und die Knochenmarkszellen wurden mit einem 100-mm-Zellsieb filtriert. Monoklonale Antikörper gegen Mac-1 (M1/70, Biolegend), Gr-1 (RB6-8C5, Biolegend), c-Kit (2B8, Biolegend), Lin Mix (Gr1, CD4, CD3, CD8a, Ter119, B220, IgM ) (Biolegend), CD34 (MEC14.7, Biolegend), Sca1 (D7, Biolegend), FcgRII/III (93, Biolegend), IL-7Ra (A7R34, Biolegend) (alle verwendet 50 ng pro Million Zellen) wurden verwendet angegeben. Nach der Inkubation mit Antikörpern wurden die Proben mit dem Attune NxT-Durchflusszytometer (Thermo) analysiert und die Ergebnisse mit der FlowJo-Software analysiert. Hier wurde 7-Aminoactinomycin D (7-AAD) (A1310, Life Technologies) verwendet, um tote Zellen auszuschließen.

Angereicherte Ontologiebegriffe für CAPG-Interaktomproteine ​​wurden mithilfe von STRING identifiziert. GO Biological Process, GO Molecular Function und GO Cellular Component wurden referenziert, um Ontologiebegriffe mit dem angepassten p-Wert < 0,05 zu identifizieren.

Die Daten werden als Mittelwert ± SEM ausgedrückt. Für alle Experimente, mit Ausnahme der Bestimmung des Überlebens, wurden die Daten durch Student-t-Tests analysiert und Unterschiede wurden als statistisch signifikant angesehen, wenn p < 0,05. Das Überleben der beiden Gruppen wurde mithilfe eines Log-Rank-Tests analysiert und Unterschiede wurden als statistisch signifikant angesehen, wenn p < 0,05. *p < 0,05, **p < 0,01, ***p < 0,001.

Weitere Informationen zum Forschungsdesign finden Sie in der mit diesem Artikel verlinkten Nature Portfolio Reporting Summary.

Die in dieser Studie präsentierten Datensätze können in Online-Repositories gefunden werden. Die Namen des Repositorys/der Repositorys und die Zugangsnummer finden Sie unten: NCBI BioProject PRJNA876046. Informationen zu Antikörpern und Oligo finden Sie in den Ergänzungsdaten 1 und 2. Quelldaten für das IP-MS werden als Ergänzungsdaten 3 bereitgestellt. CAPG KD RNA-seq-Daten finden Sie in den Ergänzungsdaten 4. Unbeschnittene Scans der Blots wurden in gezeigt Ergänzende Abbildung 7. Zusätzliche Daten, die die Ergebnisse dieser Studie stützen, sind auf Anfrage beim entsprechenden Autor erhältlich.

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Wir möchten dem Peking University Medicine Fund of Fostering Young Scholars' Scientific & Technological Innovation (BMU2022PYB014) danken, der von den „Fundamental Research Funds for the Central Universities“ unterstützt wird; Scientific Research Seed Fund des Ersten Krankenhauses der Universität Peking (2022SF09); National Natural Science Foundation of China (NSFC 81870127) (NSFC 82072369) (NSFC 82200178).

Abteilung für klinisches Labor, Erstes Krankenhaus der Peking-Universität, Peking, China

Qian Ma & Haixia Li

Abteilung für Hämatologie, The Seventh Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Shenzhen, China

Minyi Zhao

Abteilung für Hämatologie, The Third Affiliated Hospital, Sun Yat-sen University, Guangzhou, China

Bing Long

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QM hat die meisten Experimente entworfen und durchgeführt und die Daten analysiert. MZ und BL analysierten die Daten. HL betreute das Projekt. Alle Autoren haben zum Artikel beigetragen und die eingereichte Version genehmigt.

Korrespondenz mit Haixia Li.

Die Autoren geben an, dass keine Interessenkonflikte bestehen.

Die Probenentnahme wurde vom Institutional Review Board und der Ethikkommission des Peking University First Hospital genehmigt.

Communications Biology dankt Rhys Morgan, Mohammad Azam und den anderen, anonymen Gutachtern für ihren Beitrag zum Peer-Review dieser Arbeit. Hauptredakteure: Georgios Giamas und Manuel Breuer. Eine Peer-Review-Datei ist verfügbar.

Anmerkung des Herausgebers Springer Nature bleibt hinsichtlich der Zuständigkeitsansprüche in veröffentlichten Karten und institutionellen Zugehörigkeiten neutral.

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Nachdrucke und Genehmigungen

Ma, Q., Zhao, M., Long, B. et al. Das Super-Enhancer-assoziierte Gen CAPG fördert das Fortschreiten der AML. Commun Biol 6, 622 (2023). https://doi.org/10.1038/s42003-023-04973-1

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Eingegangen: 28. August 2022

Angenommen: 23. Mai 2023

Veröffentlicht: 09. Juni 2023

DOI: https://doi.org/10.1038/s42003-023-04973-1

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